Ngày 12 tháng 7 năm ấy, tức 4 tháng sau khi Nam tước Latimer qua đời, Catherine Parr tái hôn với Vua Henry VIII. Hôn lễ được tổ chức tại Cung điện Hampton Court. Bà là Vương hậu đầu tiên của Anh cũng trở thành Vương hậu của Ireland, sau sự kiện Vua Henry VIII tuyên bố tước hiệu Quốc vương xứ Ireland vào năm 1452, và do gia tộc Parr có liên hệ với Edward III, bà cùng Henry VIII cũng có chung một vài tổ tiên, dĩ nhiên là rất xa. Sau khi lên vị trí Vương hậu, Catherine chỉ định con chồng của bà, Margaret Neville, trở thành một phần trong đoàn Thị tùng của mình. Bà cũng đưa vợ của con trai chồng của bà là john, Lucy Somerset, dự trong đoàn Thị tùng của mình. Trong thời gian làm Vương hậu, Catherine có ảnh hưởng tích cực khiến Henry VIII hòa giải với hai người con ngoại hôn trước của ông, Công nương Mary và Công nương Elizabeth. Ngoài ra, bà cũng có quan hệ rất tốt với vị Vua tương lai của Anh, Vương tử Edward.

Năm 1544, từ khoảng tháng 7 đến tháng 9, Henry VIII thực hiện chiến dịch của mình ở Pháp, và ông đã chỉ định Catherine làm nhiếp chính khi ông vắng mặt ở Anh. Trong hội đồng khi ấy có rất nhiều thông tuệ hoặc cùng phe với Catherine, như chú của bà là Nam tước Horton, Tổng giám mục Canterbury Thomas Cranmer cùng Sir Edward Seymour, Catherine đã có một thời gian nhiếp chính hiệu quả và theo như ý muốn của mình. Trong suốt 2 tháng, Catherine đã điều chỉnh các khoản thuế, cung cấp tài chính cho chiến dịch của Henry VIII tại Pháp, đồng thời ký kết thông qua 5 điều luật công bố khắp nước, cũng như giữ liên lạc vững chắc với các Bá tước vùng Shrewsbury để đề phòng xung đột chiến tranh với Scotland. Việc bà nhiếp chính với tinh thần thép và khôn ngoan, được đánh giá là tạo nên tiền đề và ảnh hưởng mạnh mẽ lên người con chồng của bà, Công nương Elizabeth, vị Nữ vương tương lai của Vương quốc Anh[17].

Trong khi ấy, đức tin của Catherine bị nghi ngờ và chỉ trích bởi những người chống Tin Lành khi ấy, là Stephen Gardiner, Tổng giám mục Winchester, cùng Lãnh chúa Wriothesley[19]. Bà vốn là người Công giáo, sau cải thành Anh giáo với nền tảng Tin Lành, song có ý kiến bà vốn là Tin Lành thông qua những cuốn sách tán dương tôn giáo này theo thuyết ["Sola fide"], một học thuyết chủ trương phân tách Tin Lành ra khỏi Công giáo La Mã, Chính thống giáo Đông phương và Chính thống giáo Cổ Đông phương. Trong nhiều thập kỉ, học thuyết "Sola fide" này bị người Công giáo xem là dị giáo và lên án dữ dội.

Trong năm 1546, Stephen Gardiner và Lãnh chúa Wriothesley đã ảnh hưởng lên nhà vua, gây ác cảm từ nhà vua để chống lại Vương hậu Catherine. Một lệnh bắt giữ Vương hậu đã được soạn sẵn, đồng thời có tin đồn khắp Châu Âu là Henry VIII dự định chọn Bà Công tước Suffolk, góa phụ của em rể nhà vua là Công tước Suffolk, làm người vợ thứ 7 sau khi tin ly hôn với Catherine Parr được xác nhận. Biết được điều này, Catherine khôn ngoan hòa giải với nhà vua, và thề rằng việc tranh biện vấn đề tôn giáo với ông chỉ để giúp ông xoa dịu khỏi nỗi ám ảnh việc đôi chân bị chấn thương[20]. Không biết việc hai người đã hòa giải, một toán binh sĩ đã định áp giải Catherine khi hai vợ chồng đang tản bộ[21].